近日我院农业昆虫课题组在中科院一区期刊Insect science发表研究性论文“Genome-wide identification and characterization of long non-coding RNAs in Tribolium castaneum”。

长链非编码RNAs（long non-coding RNAs, lncRNAs）是一类长度大于200 bp碱基且不具有编码能力的转录本。研究表明lncRNAs可以在转录水平、转录后水平以及表观遗传水平发挥功能，在基因组印迹、剂量补偿、遗传和基因表达调控等过程有重要作用。进化分析显示即使在进化上很近关系的物种中lncRNAs也表现出很大的差异。

赤拟谷盗（Tribolium castaneum）属鞘翅目的代表性昆虫，是世界性危害严重的储粮害虫。此前的研究仅鉴定了赤拟谷盗中免疫应答和RNA干扰通路相关的lncRNAs，并未全面揭示赤拟谷盗中lncRNAs的信息。

我院研究团队对赤拟谷盗各时期转录组进行了测序。一共鉴定到4516个lncRNAs转录，包括3152个新的lncRNAs和1364个已知lncRNAs，它们在发育中表现出9种不同的表达模式。与蛋白编码基因相比，lncRNAs具有较少的外显子和转录本，并且长度较短。这些lncRNAs既可以靶向mRNA和lncRNAs也可以作为miRNA前体发挥功能。本研究揭示昆虫lncRNAs可以调控代谢酶进而控制代谢水平。LncRNAs还被发现靶向细胞分化和发育的基因以及作为miRNAs前体调控蜕皮激素信号通路。

Fig. 1 LncRNAs target enzymes for glycolysis and TCA cycle pathways. Black words indicate substrates or products, blue words indicate enzymes, and red ones annotate lncRNAs. Scs and Idh indicate succinyl-CoA synthetase and isocitrate dehydrogenase, respectively.

该研究不仅提供了赤拟谷盗基因组中lncRNAs的全貌，也将促进昆虫lncRNAs的功能分析和靶标鉴定。我院硕士研究生杨柳为第一作者，李承军副研究员为通讯作者，我院陈克平研究员和南京师范大学8797威尼斯老品牌李斌教授参与了部分工作。该工作得到了国家自然科学基金、江苏省属高校自然科学面上项目、江苏大学青年英才培育计划、江苏省普通高校研究生科研创新计划等项目的支持。

文章链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1744-7917.12867